生态工程措施包括环境生态工程及物理生态工程。
环境生态工程
如构建湖滨沿岸带人工湿地、人工复合生态系统等。人工湿地是通过物理、生物等协同作用以达到对污水的净化。构建湖滨沿岸带湿地选取的植物主要是芦苇、菖蒲、茭草、水芹等。湿地的类型有表面流湿地、潜流型湿地、垂直流湿地及复合垂直流湿地（上行流、下行流复合）。构建湖滨沿岸带湿地主要是净化外源污染中的面源污染，人工湿地在国内外有广泛的应用，但对内源污染难以有效，而即使减轻了外在负荷，湖泊和水库沉积物中氮和磷的内部再循环仍能使富营养化条件持续相当长的时期，因此只能作为控制湖泊藻类水华暴发，恢复生态的辅助措施，对富营养化程度不高的小型湖泊及一些小型娱乐水体可作为单独采取的措施，因这些水体主要在于防止其富营养化，或者作为小规模污水处理的措施，对于大型水体难以采用，因为大型水体周边一般难以找到足够的空地建造这样的湿地。
物理生态工程
是通过管理、物理措施和移植生物种群等措施，提高广阔自然水体对太阳能的利用率，提高水体自然净化能力，并尽可能将水中污染物资源化并加以利用，形成生物环保产业。物理生态工程最大的障碍是要求水体本身具有相当大的透明度。
